当施設では、子宮頸がん、子宮体がん、卵巣がん（卵管がん、腹膜がんを含む）等の婦人科悪性疾患だけでなく、卵巣腫瘍、子宮筋腫、子宮腺筋症、子宮内膜症等の良性疾患や、子宮脱、膀胱瘤、直腸瘤といった骨盤性器脱に対する治療を行っています。

大学病院という性格上、大分県内外の産婦人科から治療困難な患者様を受け入れる事も多く、それに対応すべく、大分県内の産婦人科では最も多くの術式に対応しております。

良性疾患については、低侵襲である内視鏡手術を積極的に行っており、異所性妊娠や卵巣腫瘍茎捻転等、緊急の疾患に関しては、夜間でも内視鏡手術に対応しています。
過多月経に対してマイクロ波子宮内膜アブレーション（MEA：Micro Wave Endometrial Ablation）という治療法や、子宮内膜ポリープや粘膜下筋腫に対して子宮鏡下手術（TCR: trans cervical resection）という治療法も行っています。

悪性腫瘍に関しては、日本婦人科腫瘍学会婦人科腫瘍専門医、日本がん治療認定医機構がん治療認定医を中心に手術、放射線療法、化学療法などによる集学的な治療を積極的に行っています。

子宮頸がんに関しては、手術適応はあるものの他施設で難易度が高いと判断された症例（腫瘍が大きい、周辺組織へ浸潤した症例）の手術も積極的に取り組んでおります。
また、早期進行例では患者様の同意が得られた場合、腹腔鏡を用いた子宮頸がん手術（腹腔鏡下広汎子宮全摘術）を行っています（本手術は施設認定され、保険診療で本手術を行うことが可能です）。また、子宮頸がんにたいする根治的放射線治療が行える施設は減少していますが、当院は放射線治療専門医の協力のもと、腔内照射（RALS）まで行える、県内唯一の施設です。

子宮体がんに関しては早期症例であればロボット支援下手術を含めた低侵襲手術を積極的に行なっています。

卵巣がんに関しては、広範囲に播種、転移した進行癌でも、外科や泌尿器科との連携により、腫瘍の完全切除を目指して手術を行い、治癒率の向上に努めています。
また卵巣がんに対する腹腔鏡手術を臨床試験として2023年10月から開始しました。